ՋՀՀ-ն ավելի քան 10 տարի աշխատում է առողջապահության ոլորտում: ՋՀՀ գործունեություններն առողջապահության ոլորտում կենտրոնանում են հիվանդությունների կանխարգելման վրա` ուսուցման և առողջապահական ոլորտի մասնագետների հմտությունների զարգացման, հասարակական առողջապահական արշավների, իրազեկման և տեղեկատվական ցանցի ստեղծման միջոցով:
ՋՀՀ առողջապահական բաժինը առաջնահերթ է համարում այն գործունեությունները և ծրագրերը, որոնք շեշտը դնում են երեխաների և պատանիների, կանանց և համայնքի առողջության պահպանման գործընթացի վրա:
ՋՀՀ-ն պետք է լուծի հետևյալ ռազմավարական խնդիրները` ծրագրի շահառուների պահանջները բավարարելու համար.
- Բարելավել որակյալ առողջապահական ծառայությունների մատչելիությունը Հայաստանում երեխաների, պատանիների և կանանց համար` իրազեկվածության բարձրացման, առողջապահական կրթության խթանման և առողջապահության ոլորտի մասնագետների ունակությունների զարգացման միջոցով:
- Առողջապահական ծառայությունները հասանելի դարձնել գյուղական համայնքներում` համայնքի անդամներին ու առողջապահության ոլորտի մասնագետներին վերապատրաստման դասընթացների, ուսուցման և համապատասխան միջոցների տրամադրման միջոցով:
ՋՀՀ-ն օժանդակություն չի ցուցաբերում անհատական առողջապահական ծառայությունների կամ բժշկական օգնության դեպքում, եթե այն չի կազմում լայնածավալ և հեռանկարային առողջապահական նախաձեռնության մաս: